コンピュータープログラミング

パッケージ「xxx」を解決する方法は利用できません（Rバージョンx.y.zの場合）



How Solve Packagexxxis Not Available



R言語パッケージをインストールすると、次のように表示されることがよくあります。パッケージ「xxx」は利用できません（Rバージョンx.y.zの場合）、動揺しています。ソフトウェアのインストールには1時間かかります。
この問題をどのように解決しますか？一般的に、次のアイデアがあります。

低レベルエラー

スペルが正しいかどうかを確認しますか？大文字の使用への注意

実際、それはすでにインストールされています。 Rを終了して、再試行してください。

  • エラーが発生した場合
Encountered below error. Any suggestions on how to resolve appreciated. shiny::runApp() Error in get(Info[i, 1], envir = env) : lazy-load database 'XX' is corrupt In addition: Warning message: In get(Info[i, 1], envir = env) : internal error -3 in R_decompress1

実際、Rを終了して、再試行してください：The internal error -3 install_githubを使用して現在ロードされているパッケージをインストールするときによく発生します。Rを再起動してアプリを再実行してみてください。



設置方法

ソースインストール

  • Windows / Mac / Linux用のバイナリファイルはありません。ソースコードを使用してインストールできます。
install.packages('foobarbaz',type='source')

対応するコンパイラをインストールする必要があります

  • といった
* installing *source* package ‘rgeos’ ... configure: CC: gcc -m64 -std=gnu99 configure: CXX: g++ -m64 configure: rgeos: 0.4-2 checking for /usr/bin/svnversion... yes cat: inst/SVN_VERSION: No such file or directory configure: svn revision: checking for geos-config... no no configure: error: geos-config not found or not executable. ERROR: configuration failed for package ‘rgeos’ * removing ‘/home/shiyong/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/rgeos’ The downloaded package is at ‘/tmp/RtmpUwOGCq/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages('rgeos', repos = 'http://R-Forge.R-project.org', : The value of the exit status when installing the package 'rgeos' is not 0.
  • 上記のエラーが発生した場合は、geos-develをインストールしてください。
yum install -y geos-devel

ソースコードはありませんが、バイナリファイルがあります

  • ソースコードをオフにインストールできます
options(install.packages.check.source = 'no')

間違った場所に行きました

リポジトリを探しています

  • 一部のパッケージはCRANに含まれていません
    バイオコンダクターパッケージをインストールする必要があります
source('https://bioconductor.org/biocLite.R')

そうしないと、エラーが報告される場合があります。

ERROR: compilation failed for package
  • リポジトリメソッドを設定する
setRepositories()
  • 必要なパッケージがこのリポジトリにないことを確認します。例として「foobarbaz」を取り上げます。
ap <- available.packages() 'foobarbaz' %in% rownames(ap)

githubなどのサイトにパッケージ化されています

  • github / Bitbucket / Gitoriousのパッケージ
library(remotes) install_github('packageauthor/foobarbaz') install_github('cran/foobarbaz') install_bitbucket('packageauthor/foobarbaz') install_gitorious('packageauthor/foobarbaz')

CRANではなく非標準リポジトリにパッケージ化する

install.packages('Rbbg', repos = 'http://r.findata.org')

バージョンの問題

RまたはBioconductorを更新する必要があります

  • 依存バージョンを表示
ap['foobarbaz','Depends']

パッケージの有効期限が切れました

library(remotes) install_version('foobarbaz','0.1.2')

最後の大きな動き

などのcondaでインストールします

conda install bioconductor-deseq2

手動インストール：

install.packages('local.tar.gz',repos=NULL, type='source')

依存関係パッケージをインストールします

install.packages('ggplot2',dependencies=T)

あきらめる

  • 考えてみてください、このパッケージなしでこの問題を解決する必要はありませんか？

変更ログ：