Linux「std :: bad_allocwhat():std :: bad_allocAbortedのインスタンスをスローした後に呼び出された終了」
Linux Terminate Called After Throwing An Instance Std
最近Linuxでbedtoolsソフトウェアを使用している場合、bedtoolsカバレッジを使用すると次のエラーが報告されています。
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc Aborted (core dumped)
私はインターネットでたくさんチェックしました。誰もが十分な記憶がないと言ったが、適切な解決策は与えられなかった。
メモリが不足しているため、最初の反応は、PBS上のノードのすべてのCPUを占有して、すべてのメモリを自分で使用できるようにすることですが、それでもエラーを報告します。そこで、bedtoolsのカバレッジを詳しく調べました-h:
入力bamファイルを並べ替えるときに-sortパラメーターを追加でき、使用するほとんどすべてのbamファイルが並べ替えられます。私の場合も例外ではないので、-sortedを追加してみましたが、予期しない検出によってこの問題が解決しました。 、およびメモリ不足によるエラーはありません。