複数のvcfファイルがマージされました
Multiple Vcf Files Merged
vcftoolsでvcf-merge1.vcf 2.vcf> out.vcfを使用するのは非常に簡単なようですが、使用中に多くの問題が発生しました。
1. vcftoolsをインストールする場合、 https://vcftools.github.io/index.html 。ダウンロードする方法はたくさんあります。最初の方法は https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ インストール後、実装は結果を生成せず、エラーが報告されます。 githubをもう一度試してください。gitclonehttps：//github.com/vcftools/vcftools.git
による https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ インストール、ソフトウェアをインストールした後もまだ問題があります
git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git cd vcftools ./autogen.sh ./configure make Make install #or add sudo上記の質問はすべてヒントです。
Can't locate Vcf.pm in @INC (you may need to install the Vcf module)2. perlにVcfモジュールがないと思いますので、cpanを再起動してください。 モジュールのインストール 。：cpanを見つけ、次のように入力します：cpan、次のように入力します：install Vcf、最後に：exit quit ----問題はまだ解決されていません。
3. vcf-mergeスクリプトを見つけて、vcftools / perlへのパスを使用します。上記の問題は解決されましたが、結果はまだ利用できません。
4.この時点で、vcf-mergeコマンドを使用できますが、インデックスが見つかりません。
Could not load .tbi index of zhenhuixi.vcf The command 'tabix -l zhenhuixi.vcf' exited with an error. Is the file tabix indexed? 5.何も追加する必要はありません。最初のステップは、インデックスを圧縮して生成することです。bgzip圧縮を介してvcfファイルを入力するには、vcftoolsの多くのperl APIが必要です。tabixは、対応するインデックスファイルを生成します。実際、bcftoolsはvcftoolsのアップグレードバージョンです。これも必要です。 bcftools mergeは、vcf-mergeの代わりになります。
bgzip test1.vcf tabix -p vcf test1.vcf.gz bgzip test2.vcf tabix -p vcf test2.vcf.gz6.私は最終的にマージできると思いました。誰が知っていて、プロンプトを出します。
[E::hts_idx_push] Chromosome blocks not continuous tbx_index_build failed: test1.vcf.gz 同僚は、vcfはソートされておらず、次にソートされていないと述べました。
java -jar /media/gsadmin/vd1/xxxx/software/picard.jar SortVcf I=test1.vcf O=test1.sort.vcfこれで、パスの下にvvc、sort.vcf、sort.vcf.idxファイルがあり、ファイルが再度マージされるか、プロンプトが表示されます。
[E::hts_idx_push] Chromosome blocks not continuous tbx_index_build failed: test.vcf.gz これを書いて、突然理解してください。私のアイデアには問題があります。取得したソートファイルに対して下から上へ、bgzip、tabix操作を行う必要があります。
最終バージョン：達成された結果
bgzip mayuanyuan.sort.vcf bgzip zhenhongwei.sort.vcf bgzip zhenhuixi.sort.vcf tabix -p vcf mayuanyuan.sort.vcf.gz tabix -p vcf zhenhongwei.sort.vcf.gz tabix -p vcf zhenhuixi.sort.vcf.gz vcf-merge zhenhuixi.sort.vcf.gz zhenhongwei.sort.vcf.gz mayuanyuan.sort.vcf.gz >out.vcf その他：